自宅から勤務地が遠いようですが

これは「圧迫質問」とまではいかないかもしれませんが、答えにくい質問のひとつです。採用者側が考えていることは次のようなことです。
「長距離通勤の負担をどのように軽減しようとしているのか」
「長時間の通勤で業務に影響が出ないか」
「長距離通勤で本当に仕事が続けられるのか」
「長距離通勤をしてまで、当社に入社したいという理由はなにか」
「健康状態に支障がないか」
「どのような基準で企業選びをしているのか」
などです。

企業では、「片道1時間30分以内」を通勤時間のひとつのメドとしているところが多いです。通常の労働時間に加えて、往復の通勤が3時間となると、健康上の心配もありますし、残業が出来ないなど仕事上の制約が考えられるからです。

このようなときは多少実際とは異なっても
「通勤時間が長くても始発なので座れます」
「場合によっては勤務地のちかくに転居します」
などと回答します。居住する場所で合否を分けられるのは不本意ですから、たとえ通勤時間が長くても仕事には影響がないこと、体力的に問題がないことを強調しましょう。ただし、実際の通勤を考えると、あまり現実的でない選択は最初からしないほうが望ましいともいえます。

一般的に内定後に勤務地が決まります。本社かもしれませんし、地方の支店かもしれません。

最初の研修は本社で行い、研修後は地方の支店への配属となることもあります。この場合は、勤務先に合わせて居住地を変えるというスタンスが現実的です。ですから「自宅から勤務地が遠いようですが･･･」という質問には、落ち着いて「何も問題にはならない」旨をはっきりと伝えましょう。